Windowsでもセキュアなsftpを利用しましょう
レンタルサーバーなどに、せっかく、sftpサーバーがあるのであれば、クライアントのWindowsからも、sftp機能を利用しましょう。
いつも間違えるsftpとftpsの違いは以下のサイトを参照。
http://distacks.com/life/2012/05/000023.html
http://ja.wikipedia.org/wiki/SSH_File_Transfer_Protocol
http://ja.wikipedia.org/wiki/FTPS
クライアントのsftp対応ソフトでWindowsからも利用できるWinSCPが便利です。
オープンソースで、グラフィカルなインターフェース、および、コマンドラインからも利用できます。
http://winscp.net/eng/download.php
日本語化もできるようです。
http://winscp.net/eng/docs/lang:jp
コマンドラインから、定期的に実行させれば、フォルダの同期などもできます。
http://sourceforge.jp/magazine/10/04/20/1033216